El MPD tiene una organización jerárquica y las dependencias que lo integran poseen una estructura adecuada a la de los demás organismos de la justicia nacional y federal.
La Defensoría General de la Nación (DGN) es el órgano de gobierno y administración del MPD, y está integrada por diferentes áreas que coadyuvan con el/la defensor/a general para el cumplimiento de sus tareas.
A la vez, es la sede de actuación del/de la defensor/a general de la Nación, de los/as defensores/as de la DGN y de la Defensoría General Adjunta. Además, la DGN es el organismo del que dependen todas las defensorías públicas nacionales y federales del país, y las defensorías públicas tutorías y curadurías.